يعتبر المركز الثقافي الأرثوذكسى من أبرز المؤسسات التعليمية في الكنيسة، حيث تم تأسيسه عام 2008 للحفاظ على التراث القبطى الثمين مما له من دور حيوى فى تاريخ مصر ونشر التعاليم المسيحية على مستوى الأمم، وليحث الأجيال الجديدة على التمسك بهويتهم بوعي وإدراك. وذلك لأن تعزيز التبادل العلمي والثقافى والتعاون الدولى بين الأفراد يهيئ مناخا للطلاب والباحثين ويشجعهم على مد جسور التفاهم بين الكنيسة والأمة المصرية والمجتمع الدولى من حولها.
ويذكر الموقع الرسمي للكنيسة أن المركز الثقافى القبطى الأرثوذكسى يوفر المؤازرة للفقراء، المرضى، المعاقين ومن لهم احتياجات مختلفة، وإيمانا بأهمية التعليم العملى الذى يعد عنصرا اساسياً للتقدم والازدهار فقد تم تجهيز مراكز تعليم وتدريب للشباب والطلبة، ويشتمل المركز على قناة مي سات الفضائية MEsat (قناة مارمرقس الفضائية المصرية) التى تبث في مصر وعلى مستوى العالم، وأكاديمية سى أو سى سى COCC، أكاديمية ماب، مكتب إنتاج فني وإعلامي، ستوديو مي للصوت، برنامج أتحبنى، ومكتبة مارمرقس العامة كما يحتوى المركز ايضاً على قاعة مؤتمرات مزودة بأحدث الأجهزة السمعية والبصرية والترجمة الفورية. كما يضم المركز المتحف البطريركى والبانوراما القبطية، مزار الشهداء المعاصرين.
أهداف المركز الثقافى القبطى الأرثوذكسى
يهدف المركز إلى الحفاظ على التراث القبطي الغني بتاريخه وثقافته ونشره حتى يتمكن العلماء والباحثين من الاستفادة منه في مصر وجميع أنحاء العالم من خلال اتاحة مصادر الأبحاث أمام الباحثين في كل فروع المعرفة القبطية مثل الفن القبطي والعمارة واللغة والأدب والتاريخ الكنسي وأقوال الآباء والدراسات المسكونية.
حث الأجيال الجديدة على غرز الشعور بالهوية والوعي المرتكز على المعتقدات والثقافة القبطية.
كشف قيمة الأديرة القديمة لتاريخ مصر والتقليد المسيحي في جميع أنحاء العالم، حيث أن الرهبنة المصرية هي أصل الرهبنة الغربية والشرقية.
دعم الحركة المسكونية بما يتفق مع عراقة تقاليد وثقافة التاريخ القبطى.
تقديم الخدمات الإنسانية.
التعريف بأهمية تراث مصر القبطي عبر التاريخ.
منارة شاملة ومهمة للباحثين والمهتمين فى كل فروع المعرفة العامة والثقافات.
نواة لانفتاح الكنيسة على الحضارات وإتاحة مصادر الأبحاث أمام الباحثين في كل فروع المعرفة.
توضيح تاريخ الرهبنة المصرية و دورها في جميع أنحاء العالم.
اكتشاف وتكوين وتنمية وبناء الكوادر البشرية.
تقديم مختلف الخدمات التعليمية بما يتناسب مع أهداف المركز.