يمثل المقر البابوي أحد أهم تراث الكنيسة الأرثوذكسية وتاريخها، ويمر تاريخه بـ7 محطات أساسية من بداية الكرازة في الإسكندرية القديس مارمرقس الرسول حتي عصرنا الحالي قداسة البابا تواضروس الثاني.
وتعتبر المحطة السابعة والأخيرة هي "كاتدرائية ميلاد المسيح بالعاصمة الإدارية الجديدة"، ولقد تم افتتاحها رسميا في يوم 6 يناير2019، بحضور الرئيس عبد الفتاح السيسي والبابا تواضروس الثاني .
وهي تعد الأكبر حجما وسعة، حيث تقع علي مساحة 15 فدانا أي ما يعادل 63 ألف متر مربع، وتتسع لأكثر من 8 آلاف شخص، وتحتوي على مبنى للمقر البابوي وصالة استقبال وقاعة اجتماعت ومكاتب إدارية، كما تحتوي علي قاعة كبيرة متحف لتاريخ الكنيسة القبطية، ويوجد بها من الداخل أيقونات مرسومة على الحوائط تعبر عن ميلاد السيد المسيح وبشارة القديسة العذراء مريم وبعض الأيقونات المستوحاة من سفر الرؤيا .
كما يترأس البابا تواضروس الثاني القداس الإلهي لعيد الميلاد المجيد، بكاتدرائية ميلاد السيد المسيح بالعاصمة الإدارية الجديدة، منذ إنشاءها حتى الآن بحضور الرئيس السيسي، وسط احتفال كبير من الحضور من الشعب المصري.