تعتبر الكنيسة القبطية الأرثوذكسية من أقدم الكنائس في العالم، وأصبح الأهتمام بتاريخها جزء أصيل من تاريخ مصر وحضارتها، وبالضرورة يمثل المقر البابوى أحد أهم تراث الكنيسة الأرثوذكسية.
ويمر تاريخ المقر بـ7 محطات أساسية من بداية الكرازة في الإسكندرية القديس مارمرقس الرسول حتي عصرنا الحالي قداسة البابا تواضروس الثاني، وفي المحطة الثالثة كنيسة السيدة العذراء بحارة زويلة شهدت جلوس 22 على الكرسي البابوي وذلك في مدة من (1320- 1660 م) أي 340 عاما، وكانت البابوات:
1- البابا يؤانس الثامن البطريرك 80 (1301- 1320 م )
2- البابا يؤانس التاسع البطريرك 81 (1320- 1327 م )
3- البابا بنيامين الثاني البطريرك 82 (1327- 1339 م)
4- البابا بطرس الخامس البطريرك 83 (1340- 1348 م )
5- البابا مرقس الرابع البطريرك 84 ( 1349- 1363 م )
6- البابا يؤانس العاشر البطريرك 85 (1363- 1369 م)
7- البابا غبريال الرابع البطريرك 86 ( 1370 – 1378 م )
8- البابا متاؤس الأول البطريرك 87 (1378- 1409 م)
9- البابا غبريال الخامس البطريرك 88 ( 1409 – 1427 م)
10- البابا يؤانس الحادي عشر البطريرك 89 (1427- 1452 م )
11- البابا متاؤس الثاني البطريرك 90 ( 1453- 1466 م)
12- البابا غبريال السادس البطريرك 91( 1466- 1475 م)
13- البابا ميخائيل الثالث البطريرك 92 ( 1476- 1477 م)
14- البابا يؤانس الثاني عشر البطريرك 93 ( 1479- 1483 م)
15- البابا يؤانس الثالث عشر البطريرك 94 (1483- 1524 م)
16- البابا غبريال السابع البطريرك 95 ( 1525- 1570 م)
17- البابا يؤانس الرابع عشر البطريرك 96 ( 1571- 1585 م )
18- البابا غبريال الثامن البطريرك 97 ( 1585- 1603 م )
19- البابا مرقس الخامس البطريرك 98 (1603- 1619 م)
20- البابا يؤانس الخامس عشر البطريرك 99 ( 1621 – 1631 م)
21- البابا متاؤس الثالث البطريرك 100 ( 1631 – 1646 م )
22- البابا مرقس السادس البطريرك 101 ( 1646- 1656 م)
