واحد من أكثر التهم الذى يروجها المعارضين لسياسات الزعيم الراحل جمال عبد الناصر، هى اتهامه فى التسبب فى إعدام العاملين خميس والبقرى، فى أحداث كفر الدوار الشهيرة، حين أوقف عمال كفر الدوار الآلات وأعلنوا الإضراب عن العمل وقاموا بوقفة احتجاجية لإعلان مطالبهم لحركة الجيش منددين بنقل العديد من العمال لفرع "كوم حمادة" وتدنى الأجور والحوافز وتدهور سكن العمال، فقامت قوات أمن كفر الدوار بمحاصرة المصنع تحت توجيهات نفس القيادة التى كانت موجودة قبل حركة الجيش وأطلقت النيران على العمال فسقط عاملا قتيلا، فرد العمال فى نفس اليوم بعمل مسيرة لباب المصنع عندمات سمعوا أن "محمد نجيب"، رئيس الجمهورية، سيمر عند باب المصنع، وهتف العمال "يحيا القائد العام.. تحيا حركة الجيش".
فى أثناء البحث عن مخرج دستورى لتولى مجلس قيادة الثورة مقاليد الحكم وإعلان مجلس الوصاية بعد نجاح ثورة 23 يوليو 1952، وقعت أحداث كفر الدوار، حيث استيقظ خالد محيى الدين من نومه على خبر أن حركة مضادة للثورة نشبت فى كفر الدوار، وأن العمال يشعلون الحرائق، ليقول إن رأيًا عامًا قد تكوّن سريعًا ضد إضراب كفر الدوار، وشُكّلت محكمة عسكرية برئاسة عبدالمنعم أمين وأصدر قرار تشكيلها محمد نجيب بصفته قائدًا للجيش، وأصدرت المحكمة حكمًا بالإعدام على عاملين هما: "خميس والبقرى".
وفى مذكراته "والآن اتكلم"، يتذكر محيى الدين أن نجيب كان أكثر الجميع حماسًا لإعدامهما، وانقسم "مجلس القيادة": نجيب ومعه الأغلبية يطالبون بالضرب من حديد حتى يرتدع الجميع، وكانوا يتكلمون من منطلق أن الإضراب هو جزء من حركة معادية للثورة، وأننا لو تساهلنا إزاء هذا الأمر لضاعت الثورة وضاع البلد، بينما "خالد" وعبدالناصر ويوسف صديق وزكريا كانوا ضد الإعدام، وحجتهم أن الإعدام سيفتح الباب أمام إراقة الدماء، وأنه لا مبرر لأن تصطبغ حركتهم بالدماء، ولكن الأغلبية فى المجلس صممت على موقفها رغم سيل البرقيات الهائل الذى انهمر عليهم من الخارج مطالبًا بعدم تنفيذ حكم الإعدام.
وتكشف العديد من الشهادات التاريخية، مثل التى أدلى بها شقيق العامل المصري، مصطفى خميس، عام 2012 بجريدة القاهرة المصرية: أن "الرئيس السابق محمد نجيب هو من صدق على حكم الإعدام لخميس، فى ظل اعتراض ثلاثة من مجلس قيادة الثورة؛ هم جمال عبد الناصر وخالد محى الدين ويوسف صديق، وبالتالي، تم تشكيل المحكمة العسكرية، برئاسة البكباشى الإخوانى، عبد المنعم أمين، وعضوية كلاً من عبد العظيم شحاتة وحسن ابراهيم".
وبحسب طه سعد عثمان فى كتابه "خميس والبقرى يستحقان إعادة المحاكمة" التقى محمد نجيب بـ"خميس" وساومه بأن يخفف الحكم إلى السجن المؤبد فى مقابل قيامه بالاعتراف على رفاقه العمال، وإدانة حركتهم ولكن خميس رفض، وتم تنفيذ حكم الإعدام على الشهيدين "محمد مصطفى خميس" و"محمد عبد الرحمن البقري" فى يوم 7 سبتمبر من نفس العام بسجن الحضرة بالإسكندرية تحت حراسة مشددة وسط أصوات "خميس" و"البقرى" اللذان صرخا قبل الإعدام "حنموت وإحنا مظلومين".
قال محمد نجيب فى كتابه "شهادتى للتاريخ": "التقيت بهما وكنت مقتنعا ببراءتهما بل وكنت معجبا بشجاعتهما ولكن صدقت على حكم إعدامهما تحت ضغط وزير الداخلية – فى إشارة إلى جمال عبد الناصر" لمنع تكرار مثل هذه الأحداث" وكان موقف باقى الاعضاء باستثناء خالد محى الدين ويوسف منصور صديق اللذان رفضا الحكم أشد سوءا، بينما كتب "عبد اللطيف البغدادي" فى مذكراته: "كان يجب تنفيذ الحكم بالإعدام لمنع حدوث هذه الأحداث".
