يعتبر المجمع المقدس في الكنيسة أعلى سلطة بالكنيسة، حيث تعين الرئاسة الكنسية بالتشاور مع آباء كهنة الكنيسة رئيسًا للمجلس من بين الأعضاء المنتخبين والمعينين..
يعتبر المجمع المقدس السلطة التشريعية والقضائية العليا في الكنيسة الأرثوذكسية وله أن يسن قوانين للكنيسة بما يتفق والاحتياجات الجديدة.
يعتبر المجمع المقدس الهيئة العليا داخل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، ويرأسه قداسة البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية.